Cụ thể, Tạp chí Tri thức xanh đã không thực hiện lưu chiểu báo chí theo quy định, với vi phạm này, tạp chí bị phạt tiền 4 triệu đồng.
Tạp chí Tri thức xanh đã không thể hiện rõ thông tin tạp chí in nộp lưu chiểu, số lượng phát hành, ngày, giờ nộp lưu chiểu, chữ ký của người đứng đầu cơ quan báo chí hoặc người được ủy quyền trên tạp chí in nộp lưu chiểu. Với vi phạm này, tạp chí bị phạt tiền 700.000 đồng.
Tạp chí Tri thức xanh đã thực hiện không đúng quy định ghi trong giấy phép hoạt động báo chí in số 1102/GP-BTTTT do Bộ Thông tin và Truyền thông cấp ngày 21-6-2012; vi phạm này, tạp chí bị phạt tiền 25 triệu đồng.
Tạp chí đã thực hiện không đúng tôn chỉ, mục đích ghi trong giấy phép hoạt động báo chí in gây ảnh hưởng nghiêm trọng, do vậy, với vi phạm này, tạp chí bị phạt tiền 70 triệu đồng. Cùng với đó, tạp chí bị áp dụng hình thức phạt bổ sung là tước quyền sử dụng giấy phép hoạt động báo chí in trong 4 tháng.