Trong đó 254 bị cáo, bị cáo Đỗ Trung Học, cựu Trưởng Phòng Tàu sông, Cục ĐKVN bị đưa ra xét xử vắng mặt. Theo cáo trạng, Phòng Tàu sông thuộc Cục ĐKVN có chức năng quản lý nhà nước về phương tiện thủy nội địa, gồm: hướng dẫn, chỉ đạo và thực hiện việc xác nhận năng lực cơ sở đóng mới, hoán cải, sửa chữa phục hồi phương tiện thủy nội địa; nhiệm vụ là thực hiện, hướng dẫn, chỉ đạo công tác thẩm định thiết kế kỹ thuật tàu sông và công nghệ; tổ chức thực hiện, hướng dẫn chỉ đạo công tác xác nhận, thông báo năng lực cơ sở đóng mới, hoán cải, sửa chữa phục hồi tàu sông theo quy định.
Để được cấp thông báo năng lực, chủ các cơ sở đóng tàu tại Long An đã liên hệ bị cáo Phạm Hoài Hà (cựu Giám đốc Chi cục Đăng kiểm Long An). Hà giới thiệu bị cáo Nguyễn Xuân Hào (Đăng kiểm viên Chi cục Đăng kiểm Long An) tiến hành lập hồ sơ của 38 cơ sở đóng tàu.
Nguyễn Xuân Hào đã nhận của chủ các cơ sở đóng tàu này số tiền từ 30 triệu đồng đến 150 triệu đồng/xưởng trọn gói đến khi được cấp thông báo năng lực. Sau đó, Nguyễn Xuân Hào đã gửi các hồ sơ này ra Cục ĐKVN tiến hành đánh giá.
Trên Cục ĐKVN, bị cáo Lê Ngọc Tú (Phó trưởng Phòng Tàu sông) đánh giá các hồ sơ tại Long An còn Đỗ Trung Học là người soát xét hồ sơ. Học đã cung cấp số tài khoản và yêu cầu Phạm Hoài Hà phải đưa tiền để duyệt hồ sơ. Hà yêu cầu Nguyễn Xuân Hào chuyển tiền vào tài khoản Nguyễn Thành Lê và Đỗ Trung Học.
Tổng số tiền Nguyễn Xuân Hào chuyển vào tài khoản của bị cáo Nguyễn Thành Lê (kinh doanh tự do) và Đỗ Trung Học là 4,1 tỷ đồng, trong đó có hơn 2,8 tỷ đồng để cấp thông báo năng lực xưởng.
Quá trình điều tra, bị cáo Đỗ Trung Học đã xuất cảnh ra nước ngoài trước khi khởi tố bị can. Ngày 22-1, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TPHCM đã ra quyết định truy nã. Quá trình điều tra, truy tố, các cơ quan tố tụng đã áp dụng đầy đủ các biện pháp để đảm bảo thực hiện quyền bào chữa theo quy định; trường hợp không ra đầu thú coi như từ bỏ quyền bào chữa và bị truy tố, xét xử vắng mặt theo Điều 290 Bộ luật Tố tụng hình sự để đảm bảo tính răn đe và phòng ngừa chung.
Cáo trạng xác định, hành vi của bị cáo Đỗ Trung Học đã cấu thành tội “Nhận hối lộ” với số tiền hơn 2,8 tỷ đồng. Các bị cáo Phạm Hoài Hà bị xét xử về tội “Môi giới hối lộ”, còn Nguyễn Xuân Hào thì phạm tội “Đưa hối lộ”.