Từ thông tin sổ sách, Nguyễn Văn Linh thấy có khách hàng tên C. thế chấp 246 lượng vàng SJC nhưng chỉ tất toán trên giấy tờ và gửi lưu vàng cố định trong kho. Ngày 5-7-2017, sau khi hoàn tất việc kiểm kê vàng cuối ngày, Linh lấy 246 lượng vàng SJC trong két chứa vàng mua bán, giữ hộ cho vào túi nilon đen, cất trong một thùng tôn, sau đó bán được hơn 8,8 tỷ đồng.
Để lấy được số vàng trên, Nguyễn Văn Linh cắt niêm phong bao đựng vàng của Công ty Doji trong kho tiền, lấy ra 246 lượng vàng SJC rồi để vào két sắt chứa vàng mua bán của TPBank. Khi đặt vào, bị can còn dặn mọi người số vàng này do "khách VIP gửi", không ai được động vào.
Đến tháng 1-2021, Linh được giao quản lý 561 lượng vàng được khách hàng tên H. thế chấp. Bị can nhận thấy dùng số vàng này bù vào 246 lượng vàng SJC đã chiếm đoạt sẽ an toàn hơn sử dụng lượng vàng của Công ty Doji trong kho nên quyết định thay thế.
Quá trình thay thế vàng, Linh làm hư một chiếc khóa và phải mua thay. Khi bà H. tất toán khoản vay và nhận lại 561 lượng vàng SJC, bà phát hiện một thùng vàng không mở được bằng chìa khóa của mình nhưng do đã nhận đủ vàng nên không có ý kiến.
Để che giấu hành vi, trước mỗi kỳ kiểm tra tài sản, Linh đều hoàn trả 246 lượng vàng SJC vào két chứa vàng mua bán. Quá trình kiểm tra, kiểm kê, bị can là người chủ động thực hiện kiểm kê vàng, đọc số liệu cho các thành viên trong đoàn kiểm kê ghi chép, đối chiếu sổ sách nên trong thời gian dài, thành viên Ban Quản lý kho quỹ cùng các tổ kiểm tra không phát hiện sự thiếu hụt.
Chỉ đến khi khách hàng H. tất toán, trong kho không còn vàng phù hợp để thay thế mỗi khi báo cáo, đồng thời Linh cũng không có khả năng trả lại nên không thể che giấu tiếp, bị can mới ra công an đầu thú.