Trong giai đoạn từ năm 2017 đến nay, Bộ đội Biên phòng TPHCM và Cảng vụ Hàng hải Thành phố đã quán triệt, chỉ đạo các đơn vị trực thuộc thực hiện tốt các nội dung Quy chế phối hợp và được cụ thể hóa trong nghị quyết, kế hoạch hàng năm của từng đơn vị, do vậy hiệu quả công tác phối hợp đã được nâng lên rõ rệt, ngày càng đi vào chiều sâu, có thực chất.
Hai đơn vị đã phối hợp chặt chẽ, sử dụng hiệu quả các ứng dụng công nghệ để cung cấp, trao đổi thông tin; phối hợp đấu tranh phòng, chống tội phạm, buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả tại cảng biển, vùng nước cảng biển và tham gia cứu hộ, cứu nạn. Đồng thời, thường xuyên phối hợp trao đổi thông tin về tàu thuyền xuất cảnh, nhập cảnh, vào, rời cảng biển và hoạt động trong khu vực cảng biển TPHCM; tăng cường phối hợp tuần tra, kiểm soát, khảo sát địa bàn hoạt động tàu, thuyền trong và ngoài nước.
Ngoài ra, từ năm 2018 đến nay, hai đơn vị đã phối hợp giải quyết thủ tục điện tử cho tàu, thuyền vào, rời cảng thông qua Cổng thông tin Một cửa quốc gia đảm bảo 24/24 giờ, kể cả ngày lễ, thứ bảy và chủ nhật; tiếp nhận 34 lượt tàu quân sự, 208 lượt tàu khách quốc tế; tiếp nhận và xử lý 38.051 bộ hồ sơ cho tàu, thuyền xuất/nhập cảnh, 25.485 hồ sơ tàu, thuyền Việt Nam hoạt động tuyến nội địa. Phối hợp thực hiện 12 vụ tìm kiếm cứu nạn và xác minh, điều tra, xử lý 03 sự cố an ninh đối với tàu biển tại bến cảng, bến phao; triển khai 29 điểm kiểm tra, kiểm soát và phòng, chống dịch Covid-19; phối hợp tuyên truyền các văn bản pháp luật và quy định phòng chống dịch Covid - 19 cho các tàu nhập cảnh. Đặc biệt, trong công tác đấu tranh phòng, chống vận chuyển, khai thác cát trái phép, thông qua công tác nắm tình hình, trao đổi thông tin đã giúp Bộ đội Biên phòng Thành phố phát hiện, bắt giữ, xử lý tổng số 201 vụ với 353 đương sự và 207 phương tiện, thu giữ 12.794 m⊃3; cát.
Để tiếp tục phát huy kết quả đạt được trong thực hiện quy chế phối hợp, hai đơn vị thống nhất trong thời gian tới sẽ tiếp tục tăng cường công tác trao đổi thông tin, tuần tra, kiểm soát, giám sát về hoạt động của các phương tiện thủy hoạt động trong vùng nước cảng biển; đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính, trao đổi thông tin và triển khai hoạt động đấu tranh phòng, chống buôn lậu, gian lận thương mại và tội phạm; duy trì thường xuyên các hoạt động phối hợp trong phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn; đề xuất, tham mưu các giải pháp và triển khai nghiêm túc các văn bản hướng dẫn của các cơ quan chức năng trong công tác phòng, chống dịch Covid - 19 theo quy định.