10 bị can bị truy tố ở các tội danh khác nhau, như: “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Nhận hối lộ”.
Theo cáo trạng, trong quá trình triển khai thực hiện dự án cơ sở 2 của Bệnh viện Bạch Mai và dự án cơ sở 2 của Bệnh viện Việt Đức, một số cá nhân tại Bộ Y tế và các đơn vị liên quan đã có hành vi vi phạm pháp luật dẫn đến dự án bị đình trệ, kéo dài, không đạt được mục tiêu đã đề ra. 2 dự án dừng thi công từ tháng 1-2021 đến tháng 12-2024, gây hậu quả thất thoát, lãng phí đặc biệt lớn cho ngân sách nhà nước.
Cơ quan công tố làm rõ, các bị can trong vụ án trên đã có vi phạm pháp luật trong việc thuê tư vấn nước ngoài lập dự án đầu tư và thiết kế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công 2 dự án.
Cụ thể, Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm, Bộ Y tế, phê duyệt tư vấn nước ngoài lập dự án đầu tư khi chưa làm rõ khả năng đáp ứng của đơn vị tư vấn trong nước; không chứng minh được tính cần thiết phải thuê tư vấn nước ngoài; cố ý chỉ định thầu; không tổ chức lập, thẩm định chi phí thuê tư vấn nước ngoài; không tổ chức xác định dự toán gói thầu thuê tư vấn nước ngoài; sử dụng đề xuất tài chính của nhà thầu để thẩm định, phê duyệt dự toán trong khi nhà thầu là tác giả phương án thiết kế kiến trúc...
Cơ quan công tố cáo buộc, các hành vi trên trái quy định của Luật Đấu thầu năm 2005; quy chế tư vấn nước ngoài trong hoạt động xây dựng tại Việt Nam và các thông tư liên quan của Bộ Xây dựng, gây thất thoát cho Nhà nước số tiền hơn 70,2 tỷ đồng.
Cùng với đó, các bị can còn có hành vi vi phạm trong việc lập, thẩm định, phê duyệt hồ sơ mời thầu, tổ chức lựa chọn nhà thầu và thực hiện gói thầu.
Trong vụ án này, các bị can còn có vi phạm trong việc xây dựng, lựa chọn, ký kết các hợp đồng xây dựng, nhất là việc lựa chọn hình thức hợp đồng hỗn hợp; hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh nhưng không quy định nguyên tắc, thời gian tính điều chỉnh, trình tự, phạm vi, phương pháp và căn cứ điều chỉnh giá hợp đồng, cơ sở dữ liệu đầu vào để tính điều chỉnh…
Cáo trạng còn cáo buộc, mặc dù công trình, hạng mục công trình chưa đủ điều kiện thi công, nhưng chủ đầu tư và nhà thầu đã khởi công, trái quy định tại Luật Xây dựng năm 2014.
“Từ việc lập, phê duyệt hồ sơ mời thầu, lựa chọn nhà thầu, ký kết, thực hiện hợp đồng không tuân thủ các quy định pháp luật, nên không có cơ sở để thanh toán, dẫn đến 2 dự án dừng thi công từ tháng 1-2021 đến hết tháng 12-2024. Dự án bị đình trệ, kéo dài, không đạt được tiến độ, mục tiêu đề ra mặc dù đã được giải ngân trên 50% tổng vốn đầu tư, gây hậu quả lãng phí tài sản nhà nước tổng số tiền hơn 733 tỷ đồng”, cáo trạng viết.
Trong vụ án này, bị can Nguyễn Thị Kim Tiến bị cáo buộc có hành vi sai phạm trong việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nước ngoài, lập phương án thiết kế kiến trúc và sai phạm trong việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu 2 dự án. Các quyết định này là cơ sở để Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm triển khai thực hiện, dẫn đến 2 dự án bị đình trệ, kéo dài, không đạt được mục tiêu đề ra, gây lãng phí tài sản nhà nước số tiền hơn 803 tỷ đồng.
Hành vi của bị can Nguyễn Thị Kim Tiến phạm vào tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Bị can Nguyễn Thị Kim Tiến đã tự nguyện nộp khắc phục hậu quả số tiền 14,5 tỷ đồng ở giai đoạn điều tra.
Trong quá trình thực hiện 2 dự án trên, các bị can Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm, Bộ Y tế) và Nguyễn Hữu Tuấn (Giám đốc Ban Quản lý dự án chuyên ngành xây dựng công trình y tế, Bộ Y tế) đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, yêu cầu các nhà thầu phải đưa tiền theo tỷ lệ 5%/số tiền tạm ứng, thanh toán. Trong vụ án, lợi dụng việc bị can Nguyễn Chiến thắng sợ bị xử lý do có sai phạm trong quá trình thực hiện 2 dự án trên nên Lê Thanh Liêm (Giám đốc Công ty TNHH Sao Nam Sông Hồng) đã đưa ra thông tin gian dối, chiếm đoạt 2 triệu USD (hơn 45 tỷ đồng).